Jeûne et microbiote intestinal : que sait-on aujourd’hui ?

‍Le microbiote, un écosystème qui s'adapte en permanence

Notre intestin abrite une communauté extrêmement diverse de micro-organismes. Cet ensemble, appelé microbiote intestinal (composé de bactéries qui pèsent jusqu’à 2kg dans notre ventre), interagit en permanence avec notre organisme.

Ces micro-organismes, au nombre vertigineux de 10 puissance 14, participent notamment à la digestion de certains composants alimentaires que nous ne sommes pas capables de dégrader seuls. Mais ils produisent également différentes molécules qui peuvent agir sur notre métabolisme et notre système immunitaire.

Le microbiote n'est donc pas un élément figé.

Il s'adapte en permanence à ce que nous mangeons, mais aussi à notre mode de vie, à notre environnement, à notre état physiologique… et même aux personnes que nous fréquentons.

Lorsque les apports alimentaires diminuent fortement ou cessent temporairement, les ressources disponibles pour les bactéries intestinales changent elles aussi. Il est donc logique que cette modification de l'environnement intestinal puisse entraîner des changements dans la communauté microbienne.

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Que se passe-t-il lorsque nous arrêtons de manger ?

En période d'alimentation, les bactéries intestinales disposent notamment de différents glucides et fibres alimentaires provenant de notre alimentation.

Pendant un jeûne, cet apport extérieur diminue fortement ou disparaît.

Le microbiote doit alors s'adapter à un environnement dans lequel les nutriments issus de l'alimentation deviennent beaucoup moins disponibles.

Des travaux expérimentaux et humains montrent que cette modification peut entraîner des changements dans la composition du microbiote et dans les fonctions métaboliques qu'il exerce. Certaines populations bactériennes diminuent, tandis que d'autres deviennent proportionnellement plus représentées.

Une étude récente particulièrement intéressante a suivi 46 personnes pendant un jeûne hydrique de sept jours réalisé sous supervision médicale. Les chercheurs ont observé des changements importants de la diversité et de la composition du microbiote au cours du jeûne. Ils ont également constaté une modification des capacités métaboliques des bactéries intestinales : certaines fonctions liées à l'utilisation des glucides alimentaires diminuaient, tandis que d'autres voies, notamment celles impliquant les acides aminés, les lipides ou les acides organiques, devenaient davantage représentées.

Le microbiote ne disparaît donc évidemment pas pendant le jeûne : il se réorganise en fonction du nouvel environnement qui lui est proposé.

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Le jeûne peut-il augmenter la diversité du microbiote ?

La diversité est souvent considérée comme un indicateur important de la santé d'un écosystème microbien.

Certaines études sur le jeûne intermittent ont observé une augmentation de la richesse ou de la diversité du microbiote. Une revue publiée en 2024, portant sur les études humaines disponibles, conclut d'ailleurs que le jeûne intermittent pourrait améliorer certains paramètres de cette diversité. Mais il faut rester prudent.

Toutes les études ne retrouvent pas les mêmes résultats, et les bactéries qui semblent évoluer diffèrent d'une étude à l'autre. Les protocoles de jeûne sont également très différents : restriction alimentaire dans le temps, jeûne un jour sur deux, méthode 5:2, Ramadan…

Une autre revue publiée en 2024, qui a analysé 13 études humaines, conclut également que le jeûne intermittent peut modifier la diversité et la composition du microbiote, mais que ces effets varient notamment selon le profil métabolique des personnes.

Il est donc trop tôt pour affirmer que le jeûne « augmente le microbiote sain » de manière générale.

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Le jeûne peut-il favoriser certaines bactéries ?

Oui, certaines populations bactériennes semblent évoluer pendant les périodes de jeûne.

Mais il faut se méfier d'une idée très répandue consistant à classer simplement les bactéries en « bonnes » et en « mauvaises ».

Le microbiote fonctionne comme un écosystème : l'équilibre entre les différentes espèces et leurs fonctions est probablement plus important que la présence ou l'absence d'une seule bactérie.

Les études montrent d'ailleurs que les modifications observées pendant le jeûne peuvent concerner de nombreuses espèces différentes, avec des réponses parfois opposées selon les individus.

Une étude portant sur le jeûne du Ramadan a par exemple observé des changements de la composition du microbiote intestinal, mais a également montré que ces modifications étaient fortement influencées par la composition de l'alimentation pendant les périodes où les participants mangeaient.

C'est un point essentiel : le microbiote ne réagit pas uniquement au fait de jeûner, mais aussi à ce que l'on mange lorsque l'on ne jeûne pas.

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Et les fameuses « bonnes bactéries » ?

On entend parfois dire que le jeûne favoriserait certaines bactéries particulièrement bénéfiques, notamment celles capables de produire des acides gras à chaîne courte comme le butyrate (un acide gras à chaîne courte qui joue notamment un rôle dans la santé de la muqueuse intestinale et la régulation de certaines fonctions immunitaires).

Ces molécules sont effectivement très intéressantes. Elles sont produites notamment lorsque certaines bactéries fermentent des fibres alimentaires et jouent différents rôles dans l'environnement intestinal.

Mais il serait simpliste de dire que le jeûne augmente directement les bactéries productrices de butyrate.

Pourquoi ? Parce que ces bactéries dépendent notamment de la disponibilité des fibres et autres substrats alimentaires. Pendant un jeûne prolongé, l'apport de fibres alimentaires est justement interrompu.

Les effets du jeûne et ceux de la réalimentation doivent donc être considérés ensemble.

C'est probablement l'une des raisons pour lesquelles la période qui suit le jeûne, la fameuse remontée alimentaire, est particulièrement intéressante lorsqu'on s'intéresse au microbiote.

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Le rôle de la remontée alimentaire

Après plusieurs jours de jeûne, le microbiote retrouve progressivement un environnement alimentaire.

Et cette étape peut être déterminante.

Les aliments consommés après le jeûne fournissent à nouveau des substrats aux bactéries intestinales et peuvent donc influencer la manière dont le microbiote se reconstitue.

Dans l'étude portant sur le jeûne de sept jours, les chercheurs ont justement observé que les modifications du microbiote étaient en grande partie réversibles après la reprise alimentaire, avec une restauration rapide de la composition microbienne.

Cela montre quelque chose d'important : le microbiote est extrêmement dynamique.

Le jeûne ne vient pas simplement « remplacer » un microbiote par un autre. Il provoque plutôt une modification temporaire de l'écosystème, qui évolue ensuite avec la reprise de l'alimentation.

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Jeûne et microbiote : quel lien avec l'inflammation ?

Le microbiote intestinal est étroitement lié au fonctionnement du système immunitaire et à certains mécanismes inflammatoires.

Le jeûne entraîne lui aussi des modifications métaboliques qui influençent et ont tendance à diminuer l’état inflammatoire.

Il est donc tentant de penser que les changements du microbiote pourraient participer à certains des effets métaboliques observés pendant le jeûne.

Cette hypothèse est intéressante, mais elle reste encore largement à explorer chez l'être humain.

Les études disponibles montrent des associations entre modifications du microbiote et certains marqueurs métaboliques, mais elles ne permettent pas toujours de déterminer précisément ce qui cause quoi : le jeûne modifie-t-il le microbiote, qui modifie ensuite le métabolisme ? Ou les changements métaboliques liés au jeûne modifient-ils eux-mêmes le microbiote ?

La réalité est probablement plus complexe, avec des interactions dans les deux sens.

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Le microbiote pourrait-il expliquer certains bénéfices du jeûne ?

C'est une hypothèse de recherche particulièrement intéressante.

Le microbiote produit de nombreuses molécules capables d'interagir avec notre organisme. Il participe notamment au métabolisme énergétique, à la régulation immunitaire et au fonctionnement de la barrière intestinale.

Le jeûne modifie quant à lui profondément le métabolisme de l'organisme.

Il est donc possible qu'une partie des effets du jeûne passe par les interactions entre le métabolisme de l'hôte et celui de ses micro-organismes intestinaux.

Mais nous sommes encore loin de pouvoir dire : « telle bactérie augmente pendant le jeûne et explique tel bénéfice ».

Les recherches actuelles permettent surtout de constater que le microbiote fait partie des systèmes biologiques qui répondent au jeûne.

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Faut-il donc « nourrir son microbiote » après un jeûne ?

C'est probablement là que la reprise alimentaire prend tout son sens.

Après un jeûne, l'objectif n'est pas nécessairement de rechercher immédiatement un aliment ou un complément destiné à « recoloniser » l'intestin.

Une alimentation variée, riche en végétaux et en fibres, constitue déjà un environnement particulièrement intéressant pour la diversité microbienne.

Légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, noix et graines apportent différents types de fibres et de composés végétaux susceptibles d'être utilisés par les bactéries intestinales.

La diversité alimentaire peut ainsi contribuer à la diversité du microbiote.

Autrement dit, le jeûne crée une période de changement ; la reprise alimentaire fournit ensuite les ressources nécessaires au microbiote pour retrouver son environnement habituel.

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Alors, que sait-on vraiment aujourd'hui ?

Les recherches disponibles permettent déjà de dégager quelques grandes tendances.

Oui, le jeûne peut modifier le microbiote intestinal. Les études humaines montrent des changements de diversité, de composition et de fonctions microbiennes pendant différentes formes de jeûne.

Mais ces changements ne sont pas identiques chez tout le monde. Ils dépendent notamment du type et de la durée du jeûne, de l'état métabolique de la personne et surtout de son alimentation avant et après le jeûne.
C’est aussi pour cela que, chez Jeûne & Abondance, nous tenons particulièrement à vous accompagner pour réussir au mieux cette reprise alimentaire.

Enfin, nous ne savons pas encore déterminer précisément quels changements du microbiote sont bénéfiques, lesquels sont simplement des adaptations temporaires et lesquels pourraient être défavorables dans certaines situations.

La recherche est donc particulièrement intéressante, mais encore en construction… et nous en suivons attentivement les résultats !

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Ce qu'il faut retenir

Le microbiote intestinal est un écosystème vivant et dynamique, capable de s'adapter rapidement aux changements de son environnement.

Lorsque nous jeûnons, l'absence temporaire de nutriments provenant de l'alimentation modifie cet environnement et peut entraîner une réorganisation du microbiote.

Cette adaptation pourrait participer à certains effets métaboliques du jeûne, mais les mécanismes restent encore à préciser.

Il est donc préférable de ne pas parler d'un « nettoyage du microbiote » ou d'une transformation systématiquement bénéfique. Le jeûne semble plutôt provoquer une période de réorganisation temporaire, dont les conséquences dépendent aussi largement de ce qui se passe avant et après.

Et c'est probablement l'un des enseignements les plus intéressants des recherches actuelles : pour comprendre l'effet du jeûne sur notre microbiote, il faut regarder non seulement la période pendant laquelle nous ne mangeons pas, mais aussi la manière dont nous nous alimentons lorsque nous mangeons.

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Références scientifiques

Je mettrais principalement ces références dans la version publiée :

• Paukkonen I, Törrönen E-N, Lok J, Schwab U, El-Nezami H. The impact of intermittent fasting on gut microbiota: a systematic review of human studies. Frontiers in Nutrition. 2024;11:1342787. DOI: 10.3389/fnut.2024.1342787. Cette revue systématique est probablement la référence principale à citer, puisqu'elle porte spécifiquement sur les études humaines.
• Pramono A, Ardiaria M, Setiawan Limijadi EK, et al. Intermittent fasting modulates human gut microbiota diversity in a phenotype-dependent manner: a systematic review. Bioscience of Microbiota, Food and Health. 2024;43(3):170–182. DOI: 10.12938/bmfh.2023-111.
• Ali I, Liu K, Long D, et al. Ramadan Fasting Leads to Shifts in Human Gut Microbiota Structured by Dietary Composition. Frontiers in Microbiology. 2021;12:642999. DOI: 10.3389/fmicb.2021.642999.
• Wang et al. Dynamics and ecological reassembly of the human gut microbiome and the host metabolome in response to prolonged fasting. Étude sur un jeûne hydrique de 7 jours médicalement supervisé chez 46 personnes. C'est une référence particulièrement intéressante pour le jeûne prolongé, même si elle ne permet évidemment pas de généraliser les résultats à tous les types de jeûne.